研究人员汇集数据以更好地对胃肿瘤的预后进行分类

  • 2022-03-09 14:34:35

研究人员汇集数据以更好地对胃肿瘤的预后进行分类


在2022年IGCC的一次演讲中,Ju-Seog Lee博士讨论了一项分析,该分析结合了肿瘤分类模型,以推导出胃癌中新的预后亚组。——美国看病



根据2022年国际胃癌会议上的一篇演讲,分析了从各种胃癌分类系统收集的基因组学数据,以确定是否可以从不同调查团队的努力中达成共识。——美国看病


"肿瘤的分类是成功治疗胃肿瘤患者的关键,[包括]常规分期,如TNM和WHO [世界卫生组织]分类,已成功用于此目的,"休斯顿德克萨斯大学MD安德森癌症中心系统生物学系副教授Ju-Seog Lee博士说。 在介绍数据时说。"然而,有一些局限性,因为它没有反映胃肿瘤的潜在生物学,这是靶向治疗的关键。——美国看病


Lee说,不同的小组已经尝试使用基因组学,蛋白质组学和代谢组学来定义胃亚型 - 例如他自己的小组之前确定了2种不同的分子亚型,称为间充质表型(MP)和上皮表型(EP)。2他的研究小组探索的其他预后信号包括Hippo通路的激活或失活,爱泼斯坦 - 巴尔病毒(EBV)的存在,微卫星不稳定性(MSI)状态以及体细胞拷贝数改变的数量。——美国看病


"它并不止于此。许多其他研究人员也发现了与预后差异密切相关的不同疾病亚型,这是一个巨大的进步,"李说。"然而,它提出了新的和不同的问题[这些系统]如何彼此相似,以及基于基因组方法的这些不同分类之间是否存在任何共识。——美国看病


方法


为了解决临床问题,研究人员收集了确定的8个预后亚组的基因组数据。其中包括:

1、按内在亚型划分的组织学

2、河马通路表达

3、癌症基因组图谱计划(TCGA4)确定的四种分子亚型

4、TCGA 风险评分 (TRS)

5、亚洲癌症研究小组(ACRG)亚型

6、延世癌症中心亚型

7、LNC6 亚型

8、百万像素


总共有2527个样本的基因表达谱数据,其中1427个在训练集中,1100个在验证集中。每种药物都有临床数据。——美国看病


作为研究的一部分,Lee及其同事使用来自8个分类的信息,在称为集群集群分配的过程中进一步分析患者,以得出6个新的肿瘤亚型。他指出,这些新组来自先前的分类而不是基因组数据,与结果最好的第5组和第6组相比,第1组的结果最差。——美国看病


组间差异包括第5亚组中的高突变负荷,具有高度突变的HER3和HER4。第3组和第4组的拷贝数变化最高。——美国看病


真实世界验证

Lee转向了3期ARTIST试验(NCT00323830),该试验检查了卡培他滨加顺铂(XP)单独与XP联合放疗(XP / RT)在治愈性切除胃癌和D2淋巴结清扫术患者中的比较。——美国看病


研究人员在ARTIST试验的可用RNA样本上使用NanoString技术,根据患者的表达特征对其进行细分。有趣的是,除第3组外,大多数亚组都反映了XP和XP / RT的相似结果,这应通过增加放射治疗产生统计学上显着的益处。——美国看病


"这表明可能有一小部分患者在辅助治疗中受益于放射治疗,"Lee说。


亚型的特征在于大量拷贝数改变,低甲基化,mRNA的中度至高表达以及高水平的HER2表达。这也是唯一一个以对放射治疗高反应为特征的亚组。——美国看病


最后,Lee回顾了6种新定义的胃癌亚型的特征,并指出需要进一步的研究来验证结果(TABLE)。——美国看病


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