OncoKB-MSK 肿瘤学知识库获得FDA批准

OncoKB-MSK 肿瘤学知识库获得FDA批准

2021 年 10 月 7 日，美国食品和药物管理局（FDA）批准将纪念斯隆凯特琳癌症中心（MSK）的肿瘤学知识库 (OncoKB) 部分列为第一个被纳入人类遗传变异公共数据库的肿瘤突变数据库。

这一里程碑事件得到了分子病理学、肿瘤学等各方的广泛关注。这也是继MSK-IMPACT (见前面公众号文章相关阅读)2017年作为第一个实体瘤二代测序大panel 获得FDA批准后，MSK获得的又一殊荣，进一步巩固了MSK在实体瘤基因变异检测、解读及治疗领域的领导地位。

OncoKB 的几大特点

1. 团队：资深肿瘤专科医生、癌症生物学家、及计算机软件专家
2. 数据库：收录所有已知的癌症相关基因变异并及时更新
3. 开放共享：对所有个人及科研院所完全开放

接下来，小编将和大家一起走近OncoKB研发的时代需求及临床应用前景。

生物标志物的解读在肿瘤治疗的作用越来越重要

2003年人类第一个基因组测序完成；2010年，二代测序技术开始逐步应用于临床。对肿瘤标本进行基因变异检测，寻找与靶向及免疫治疗相关的生物标志物，已经成为当代肿瘤治疗、药物疗效评估以及判断肿瘤预后的重要依据。

人类基因组有2万多个基因，目前已知数百个基因，数千种变异有临床应用价值。临床医生很难准备了解、铭记哪些突变可以预测对 FDA 批准或实验性疗法的反应，或者对了解患者的预后及癌症亚型有重要意义。如何将这些变异与特定肿瘤类型及治疗药物相结合，对于分子病理及肿瘤专科医生都非常具有挑战性。尤其是，这些变异的临床意义会随着进一步的证据的出现，治疗药物是否获得美国食品药品管理局FDA批准，是否写入美国国家癌症网络NCCN指南等发生改变甚至转化。这就需要有专业的数据库收集、解读、并持续更新这些信息，为肿瘤科医生的临床实践提供以证据支撑的指导。

OncoKB 精准肿瘤知识库的诞生-顺应肿瘤精准诊疗的需求

MSK从2012年开始对晚期癌症患者进行临床前瞻性的基因组分析。在数据积累的同时，如何对测序结果中的基因变异精准解读，进而为肿瘤诊疗提供有价值的指导意义这一重要的相关问题也被提上议事日程。当时已经有一些外部数据库的存在，但尚处于早期研发阶段，收录的广度与细致度都不足以用于支持精准治疗。为了解决这些问题，MSK决定开发自己的综合精准肿瘤知识数据库OncoKB，提供基于证据的详细解读信息，将患者肿瘤中存在的体细胞突变和结构改变与药物相匹配，辅助肿瘤科医生做出最佳治疗决策。

2013年，MSK成立了由资深肿瘤专科医生和癌症生物学家组成的监督小组，制定对生物标志物进行审查和编辑的策略与程序，具体工作则由临床进修医生及博士后研究人员启动。OncoKB数据库团队有系统负责人，经验丰富的计算机软件及生物学领域专家，共同对数据库进行搭建和维护，并及时更新及补充数据。通过与科学界和医学界的持续对话，OncoKB 整合了机构范围内的多学科疾病管理团队定义的临床最佳实践，传达有关生物标志物指导使用 FDA 批准的疗法和临床试验中正在评估的研究药物的信息；同时也强调负面临床结果，以阻止在特定突变环境中显示无效的昂贵靶向疗法的超适应症使用。

OncoKB利用 MSK 医生的专业知识来确保捕获的信息是准确和最新的。 这一点非常重要，因为相同的突变可能具有不同的生物学特性，在不同的肿瘤亚型中具有不同的临床意义。为每个肿瘤亚型注释每个突变，至关重要。”

 OncoKB 的组成及分级

OncoKB 目前的版本包含 680 多个癌症相关基因中 5,600 多个基因组变化的临床和生物学效应的信息。

OncoKB从各种公开可用资源中整理特定信息，以获取单个突变的生物学和临床信息。这些资源包括来自 FDA 药物标签、NCCN 和其他专家小组的疾病特异性治疗指南，以及包括美国临床肿瘤学会和美国临床肿瘤学会等主要科学会议论文集在内的科学文献。

OncoKB将 FDA 批准和 NCCN 指南列出的特定癌症药物（1 级和 2 级）的生物标志物与目前正在临床试验中和敏感性相关的生物标志物区分开来（3级和4级）。还捕获了有关已知耐药性突变的肿瘤类型特异性信息。

为了纳入新的临床和研究结果，OncoKB通过交互式网站和癌症基因组学 cBioPortal对话。这两个系统都包含评论功能，用户建议由科学团队评估，如果通过则定期更新纳入 OncoKB。 OncoKB 也是促进跨现有知识库的变异注释协调的积极成员，通过变异解释癌症联盟参与 ClinGen 和全球基因组健康联盟。

 OncoKB 的FDA审批

2018年，MSK的OncoKB团队向FDA提出认证申请。

FDA 审查了OncoKB的政策、操作程序、数据库和变异评估的管理过程，以及临床意义的分类方法。这些数据分类与 FDA 授权的肿瘤测试平台相对应结合。因为OncoKB与FDA批准的伴随诊断并无直接相关，FDA部分承认 OncoKB，也就是OncoKB Level 1 和Level 2 分别对应FDA的 2 级（临床意义）和 3 级（潜在临床意义）生物标志物。

经过与FDA的多次沟通、协商及系统改进，OncoKB在2021年10月初正式获得FDA的部分认可。

OncoKB 在肿瘤治疗中的应用

在 MSK，OncoKB 每年自动注释超过 12,000 名患者的基因检测报告，这些患者的肿瘤，由医生科学家 Marc Ladanyi 领导 MSK分子病理应用通过 FDA 批准的 MSK-IMPACT进行测序。OncoKB的注释集成到临床患者的检测报告及临床信息综合汇总中，以便医生可以根据这些信息做出治疗决断。MSK 医生和科学家也使用该数据库进行临床研究。

OncoKB 与其它肿瘤基因变异解读数据库不同的是，OncoKB 建立在MSK过去的努力与成功的基础上，并且与MSK的整体医疗及科研互动，共同推进。随着 FDA 对 OncoKB 的部分认可，处于癌症治疗和研究前沿的MSK将证明这个知识库能为医学和科学界提供准确、可靠且具有临床意义的信息。”

OncoKB 不仅促进MSK的肿瘤治疗，也向全世界开放，使其可以更广泛地用于学术研究（免费）或者服务于商业检测平台（需取得授权）。

总结： 

最后，我们用MSK精准肿瘤中心主任Solit 博士的评论来做一个总结，“精准医学改变了我们治疗癌症的方式，OncoKB精选数据库通过帮助医生识别潜在的靶点，有助于确保每位患者接受最有可能对其特定癌症有效的标准治疗或者最适当的临床试验，从而在实现精准医疗的前景方面发挥重要作用。